Peignage moléculaire
Des centaines de copies du génome humain sont étirées simultanément sur une surface
Étirement en une seule étape et collecte de millions de fragments d’ADN de grande taille
Le peignage moléculaire est une technique simple qui permet de visualiser directement l’ADN à l’échelle de la molécule individuelle. Le système de peignage moléculaire exploite les forces de surface pour simultanément étirer et collecter des millions de molécules d’ADN à la surface d’une lamelle en verre spécialement traitée. Le processus est simple, rapide et applicable aux tailles de molécules d’ADN dépassant le mégabase. La technique est compatible avec l’ADN prémarqué et avec l’hybridation in situ. Aucune amplification n’est nécessaire ; par conséquent, aucun biais n’est introduit dans la population d’ADN à analyse. De plus, un grand nombre de génomes peut être peigné par expérience, ce qui permet d’effectuer des mesures statistiquement significatives de l’ADN étiré.
Pour mettre en œuvre la technique de peignage moléculaire, Genomic Vision a développé le système FiberComb®, un instrument automatisé qui étire les molécules d’ADN individuelles sur des surfaces en verre spécialement traitées (CombiConverslips). Une procédure de 10 minutes, qui ne nécessite pas d’intervention de la part de l’opérateur.
TECHNOLOGIE
Facteur d’étirement constant le long de chaque molécule (1 μm ≈ 2 kb)
Permet des mesures exactes et reproductibles pour la cartographie physique des régions d’intérêt
- Étirement uniforme de toutes les molécules sur la surface : les mesures peuvent être regroupées sans calibration locale
- Étirement indifférent au contenu de la séquence : aucun biais de contenu GC, toutes les régions sont étirées et également représentées sur la lame, permettant ainsi d’étudier toutes les régions d’intérêt
- Étirement sans biais, indépendant de la taille des molécules d’ADN : plus la molécule extraite est longue, plus la vue est large pour l’analyse de la région d’intérêt
- Des centaines de copies de génome humain étirées simultanément sur un support : offre une sensibilité unique dans la détection et l’analyse d’événements rares, d’échantillons hétérogènes et de mosaïsme, et permet une analyse statistique précise.
La procédure de peignage moléculaire
L’ADN de poids moléculaire élevé est extrait et purifié à partir des échantillons. La solution d’ADN est ensuite placée dans le réservoir jetable du FiberComb. Un CombiCoverslip d’une surface de 22mm2 (support/lamelle en verre spécialement traité avec du silane vinylique) est clipsé manuellement au système. Le reste de la procédure est entièrement automatisée et ne prend que 10 minutes.
Dans un premier temps, le CombiCoverslip est rapidement immergé dans le réservoir contenant l’ADN, où il est brièvement incubé pour permettre à l’ADN de se fixer à la surface en verre à l’une ou les deux extrémités. Le CombiCoverslip est ensuite automatiquement retiré de la solution d’ADN, à vitesse constante. Grâce au ménisque air-liquide sortant, les molécules d’ADN sont étirées et alignées de façon contrôlée et constante sur la surface en verre.Chaque molécule d’ADN est peignée avec un facteur d’étirement constant (2 kb/µm), permettant des mesures précises et directes sur toute la longueur de la fibre d’ADN.
